Девушка без памяти, и могущественное потустороннее чудовище – и какая может быть связь между этими персонажами? Оказывается, в игре «Anima: Gate of Memories» разработчики наделили данную пару контрактом, от которого нельзя отказаться. Но на самом деле условия договора выгодны каждому участнику, потому что оба протагониста не могут выжить без своего товарища. Поскольку геймплей необычен, то геймер может управлять двумя героями сразу, при этом сосредотачиваясь на их способностях, и быстро реагируя на угрозу со стороны противников. Обычное приключение превратилось в разгадку планов врага, который ведет свою тайную войну.
Ни девица, ни монстр не собирались принимать участие в этих событиях смертных созданий, но теперь уже известны факты вторжения в потустороннее измерение с целью приобретения артефактов огромной внеземной мощи. Само пребывание таких предметов способно спровоцировать катаклизмы на планете, так что их использование в качестве оружия приведет человеческую расу не только к гибели, но и к разрыву пространственно-временного континуума. Поэтому протагонисты должны вмешаться в войну, и разобраться в её причинах, а также решить все споры до того, как начнется конец света.