Игра «Black Mesa» создана для того, чтобы предоставить вам возможность перепройти Half-Life на новом движке, при этом она соблюдает хронологию событий. Геймеры выложились на полную, а теперь здесь уже главным будет Фримен, который по поручению неизвестного парня в костюме истребляет монстров. Эти монстры вовсе не простые, ведь они являются пришельцами и прибыли сюда из другого мира. Эксперименты с кристаллами были разработаны для создания порталов между мирами, и они увенчались успехом к большому сожалению всего человечества. Однако появилось время узнать о надвигающейся опасности и предупредить остальных.
Надвигающаяся опасность заключается в том, что скоро на Землю прибудет военный Альянс, покоряющий миры, и человечество станет его рабами. Однако вместо того, чтобы пообщаться с Фрименом команда зачистки пытается убить его, ученых и пришельцев, а потом и вовсе объявляет красный код. Герою удается избавиться от новых бездумных врагов, которые скоро станут марионетками. Он доходит до конца и оказывается законсервированным на 20 лет, после чего его снова пробудят для войны с уже пришедшим Альянсом, с которым он будет сражаться снова в одиночестве.