«Deus Ex: Mankind Divided» - это экшен про Адама, который решил работать на Интерпол, дабы исправить свои ошибки. Аугментированные люди начали создавать свои сообщества, чтобы защищать права таких же граждан, и при этом не раскрывать свою деятельность. Международная полиция классифицирует такую деятельность как терроризм, и поэтому герой вынужден искать новых противников, чтобы предавать и суду. Приходится находить людей, преследующих вроде правильные цели, и убивать их при попытке сопротивления представителю закона. Сложный выбор, произошедший в прошлой части, повлиял на мир плохо, и теперь Адам осознает, что поступил неверно.
Однако исправить ситуацию он не в состоянии, поскольку для него уже закончились возможности и попытки. Решение работать на интернациональную полицию не может повлиять на исход мировой имплантации, поэтому солдат просто тратит время зря, начав охотиться на повстанцев. Все эти розни между двумя слоями населения превращаются в гражданскую войну, которая так же бессмысленна, как и её причины. Вместо того, чтобы расправиться с тайными сообществами, получающими выгоду от происходящего хаоса на мировой арене, протагонист продолжает отстреливать людей из Сопротивления, при этом чувствуя вину и негодование внутри себя.