В игре «Into the Stars» протагонист управляет космическим кораблем под названием «Ковчег-13», который движется в сторону новой звездной системы, потому что враги практически уничтожили родную планету. Земля оказалась осажена Скорнами, которые решили в этот раз уничтожить все живое, и даже заразить местность радиацией, поэтому люди решили создать флот из нескольких крейсеров, чтобы таким образом перебраться на новые планеты. Однако ваш корабль остался единственным, который выжил, пройдя через несколько эпичных сражений, а вот остальные переселенцы отправились в мир иной.
Теперь герой вынужден управлять судном, чтобы сохранять спокойствие на борту, и при этом избегать опасностей открытого космоса. Необходимо найти пригодную для заселения планету, которая позволит спокойно установить жилищные блоки, тем самым обеспечив колонистов первыми комнатами на территории небесного тела. Также стоит продумать ситуацию, когда на вашем пути могут появиться пираты, стремящиеся уничтожить всю команду. Так что путешествие затянется надолго, а мечта об обретении дома останется на верхней полке, пока не будет найдена пригодная планета. Герои стремятся к тому, чтобы выжить, а за ними гонится армия агрессивных инопланетян.