События игры «SOMA» отправляют геймера в подводную лабораторию, где из-под контроля вышли роботы. PATHOS-2 числился как исследовательский комплекс в акватории, который имеете неопределенную специализацию. Для непосвященных это не даст никакой информации, а вот знающие толк в научных вещах военной направленности понимают, что именно это место является складом самых высокоразвитых технологий. Отсюда и причина появляется, по которой невозможно дать точную спецификацию лаборатории – можно проводить исследования в разных направлениях, получая самые продуктивные результаты.
Протагонист принадлежит к персоналу, занимавшемуся исследованиями, и внезапно произошел собой в системе управления освещением, после чего роботы вырвались наружу. Оказалось, что искусственный интеллект прогрессировал очень быстро, и теперь уже каждому работнику грозит опасность. В соседних резервациях находятся зараженные подопытные, которые должны были стать частью эксперимента по созданию усовершенствованного иммунитета человека, а получилось вовсе иное – измененная генетика породила новых существ. Теперь вся эта гвардия неудачных опытов надвигается на вас, и выжить здесь нереально трудно.