Идёт ожесточенная война между инопланетными созданиями, что начали мутировать в еще более омерзительных существ, и человеческая цивилизации вооружившись своими инновационными дронами будут противостоять им в игре «Super Mutant Alien Assault». Повествования событий рассказывают о том моменте, когда людская раса собрав практически всех сожителей планеты на огромную флотилию кораблей и как можно скорей отчалить с Земли, ибо нападение инопланетян им не сдержать, а в плен сдаваться не хочется. В открытом космосе была засада и армия не может справляться с новейшими вооружением чужеродной расы и старые технологии людей не нанесут никакого вреда им. Они решили оставить на произвол судьбы искусственный интеллект дабы он имитировал жалкие попытки обороны и войско механизмов не плохо справились с поставленной задачей.
На ваши плечи возлагается невозможная задача взять под свой контроль обреченных дронов и показать все возможности человеческого мышления ведения боя. В игре есть кооперативный режим и можно проходить уровни на пару делая невозможные сражения возможными. Инопланетяни не думают, что это бездушные машины посему бросят все свои войска в атаку, а вам тем временем нужно подготовить оборону в таком положении, чтобы противник только получал потери в рядах войск!