«Marvel: Ultimate Alliance 2» - игра в жанре экшена с сюжетом про Ника Фьюри, который, пользуясь своим положением главы ЩИТа, устроил авантюру с уничтожением действующей власти Латверии. Эта страна является родиной Доктора Дума. И персонаж обвинил правителей в том, что они пытаются переправить сверхтехнологичное вооружение второстепенным врагам человечества. Так что злодеи действительно обрели свои пушки, но на самом деле здесь ситуация намного сложнее, и всех героев будет использовать Ник для своей сложной и просчитанной игры. Ведь политика – это гнилое занятие, а ему пришлось ввязаться в это дело.
После того, как зачистка прошла успешно, но при этом операция по ликвидации министров Латверии не была согласована с Белым домом, все вроде бы наладилось. А через год в Нью-Йорке прогремел теракт, в результате которого погибло много людей, а обвинили во всем именно супергероев. Поэтому, протагонисты попытались срочно разыскать Фьюри, но тот уже улетел, оставив послание для своих бывших соратников. Теперь начинается противостояние между двумя лагерями супергероев, разделившихся из-за закона о регистрации каждого обладателя сверхъестественных способностей, и победят самые упертые и сильные персонажи.